PIXAR 標準の USD Maya プラグインとは別に、AnimalLogic が公開している AL_USDMaya があります。個人的には、Maya を中心に据えて USD ベースのパイプラインを組むのならこちらが本命じゃないかなと思っています。あんまり確たる根拠は無いですが。そこは勘ですよ勘!!セブンセンシズですよっ!
PIXAR 実装は Scene Assembly として USD の情報を扱う実装になっていますが、AL_USDMaya はそのあたりの扱いを自前でゴリゴリと頑張っているようです。.usd ファイルを読み込むと AL_usdmaya_ProxyShape ノードが作成され、単一のノードとして表示されるのですが、ビューポート上でオブジェクトをピックするとそこまでの階層がシーン中に現れて操作できるようになります。
このプラグインを使用している様子は “AL_USDMaya Layout and Animation Workflow” で見ることができるのですが、結構独自のツールを作って実現している機能が多いようなので、オープンソースになっているプラグインをビルドすればこれができると思ってしまうのは甘い感じです。そもそも、Hydra を Maya 上で使ってるっぽいことを言ってるんですがこれは一体。。。?
あと、手元でも環境を作ってみてはいるものの、まだ完全に動くようにはなっておらず試行錯誤しているところです。特に VP2 との相性が悪い様でオブジェクトのピック周りの問題が解決していないです。この辺りは PIXAR 版とは違って自前でゴリゴリ頑張っている弊害ですね。
もしかしたら Luma Pictures の outliner を併用すれば PIXAR 標準 Maya プラグイン(+ゴリゴリ自前開発)でも必要なことはできるのかもしれないですが。。。。このあたりは引き続き要調査です。