Py3dsMax で undo の登録をする方法が以外とどこにも書いてなかったのでメモ。
Py3dsMax モジュールには普段使う mxs モジュール以外にもいくつか登録されているものがあって、そのひとつに undo を管理するための関数があります。

import Py3dsMax
from Py3dsMax import mxs

Py3dsMax.undoOn()
n = mxs.selection[0]
c = mxs.prs()
print n.controller
n.controller = c
print n.controller
Py3dsMax.undoOff(u'test')

結論だけ見てしまえば何てことはない、これだけです。ただ、undoOn/undoOff の使い方はコードを見ないとわからないんですよね(汗